Bail Organa sirvió a la República Galáctica como senador durante sus últimos días, sucediendo al Senador Bail Antilles, su suegro. Como nuevo senador, rapidamente aconsejaba al Canciller Supremo Palpatine, influyendo con su punto de vista en el sistema burocrático. También entabló relaciones políticas con otros senadores, como Garm Bel Iblis de Corellia, Padmé Amidala de Naboo, Doman Beruss de Illodia, y Mon Mothma de Chandrila, con la que tuvo una fuerte amistad personal. Residía en Coruscant durante su tiempo de senador en la llamada casa Cantham. Organa también se hizo amigo cercano del ex Canciller Valorum.
Durante la Crisis Separatista, Organa presionó para que Alderaan perdiera sus restricciones de inmigración para poder acoger refugiados, y se unió al Comité de Leales.
- «Trabajaré con algunas de las mentes más confiables, hábiles e inteligentes que la República tiene para ofrecer. Este es el equipo que me ayudará a forjar un fin pacífico para la disputa actual.»
- ―El Canciller Supremo Palpatine
El Comité fue frecuentemente blanco de críticas antes de la Batalla de Geonosis, con quejas de que era un "gobierno secreto" y un intento de Palpatine de prevenir la aprobación del Acta de Creación Militar.
Según los historiadores, el comité estaba dividido entre pro-militares y anti-militares, realmente.
La Delegación se oponía especialmente a la creación del puesto de moff, que efectivamente el quitaba al Senado cualquier poder real.
Visto en retrospectiva, resulta interesante que la mayoría de los miembros del Comité Leal eran oponentes de las reformas de Palpatine, por lo que los historiadores no albergan dudas que el comité fue siempre un ejercicio de autocrítica del Canciller Supremo Palpatine, para contar con puntos de vista contrarios a los suyos, o incluso, si pudiese haberse tratado de una maniobra política para tener cerca a sus detractores, desde luego nunca hubiese etado relacionada (como defienden las voces rebeldes) con que a la postre, los senadores (los Lealistas y otros muchos) fuesen sospechosos de ciertos actos de conspiración, prevaricación, o similares, siendo algunos de ellos proscritos siempre bajo alguna ley vigente.
No fue en cualquier caso el ejemplo de Bail, que nunca, hasta sus últimos días, pudo ser encontrado culpable de todos sus años de conspiraciones, traiciones, ilegalidades, y alianzas rebeldes.
Cuando se hizo claro que la Confederación de Sistemas Independientes no tenía interés en negociaciones, Organa supo que el senado nunca aprobaría usar el Gran Ejército de la República encontrado en Kamino. Organa (posiblemente todavía un senador noble y atado a la legalidad) votó para otorgarle a Palpatine Poderes de Emergencia.
Apenas las Guerras Clon estallaron, Bail se preocupó de como crecían los poderes de Palpatine, y empezó a buscar senadores preocupados como él. Es lógico asumir que estos movimientos eran naturalmente conocidos por la Inteligencia de la República, pero que no se obstaculizaron en modo alguno (contra otras versiones Rebeldes que lo dibujan como actos clandestinos secretos que debían ser escondidos) por tratarse de meras diferencias políticas.
Como diplomático, Organa estuvo al frente de la línea de combate; estuvo involucrado e incluso luchó en la Batalla de Boz Pity y en la Segunda Batalla de Coruscant, representando un modelo perfecto de leal oposición.
Se sentó con Padmé Amidala preocupado cuando Palpatine se declaró a sí mismo Emperador Galáctico. Amidala le dijo que al votar a favor de Palpatine, ambos poseían beneficios y poderes dentro del Imperio que podrían utilizar para crear un movimiento de resistencia.
El apoyo senatorial era mayoritario pero no pleno y la cara más visible de la oposición la daban Bail Organa, el virrey del pacífico mundo de Alderaan, Mon Mothma, una joven pero sagaz senadora que representaba al planeta Chandrila y Amidala, antigua reina de Naboo.
El senador Bail Organa, que era quien más experiencia atesoraba, era el más prudente del grupo y el que controlaba la situación poniendo freno a las ansias de acción de Mon Mothma que consideraba que había que derrocar a Palpatine cuanto antes y usando cualquier medio posible. Amidala estaba en medio de ambos y los tres formaban un grupo muy heterogéneo pero tremendamente eficaz que consiguió impulsar una iniciativa legislativa hacia el final de las guerras clon a la que se denominó "La petición de los 2.000".
Se la llamaba así porque iba avalada por la firma de 2.000 senadores y se trataba de un manifiesto en el que los firmantes exigían al Canciller que devolviese cuanto antes los poderes especiales que se le habían concedido. La petición fue rechazada pero se había puesto la primera piedra en el camino de Palpatine y la oposición había visto surgir tres importantes líderes.
- «Voten por Palpatine. Voten para el Imperio. Hagan que Mon Mothma vote para él también. Sean buenos Senadores. Cuiden sus modales y mantengan la cabeza hacia abajo. Y sigan haciendo todas esas cosas que no podemos comentar. Todas esas cosas que no puedo saber. Prométemelo, Bail.»
- ― Padmé Amidala Naberrie
La mitad de la Delegación retiró sus firmas de la Petición.
En secreto, y solo sabido ahora, Bail Organa fue parte de la creación de la Alianza para Restaurar la República, junto con los senadores Mothma y Bel Iblis. El evento significativo que los llevó a planear la rebelión fue la Masacre de Ghorman en el 18 ABY: durante una protesta contra el Imperio en el planeta Ghorman en el Sector Sern, Wilhuff Tarkin aterrizó su nave sobre los protestantes, matando a cientos. Esto horrorizó a muchos, pero el Emperador lo felicitó y le otorgó un ascenso.
A día de hoy las opiniones sobre el suceso de Ghorman siguen divididas entre quienes opinan que Tarkin debió aterrizar cumpliendo sus órdenes, y quienes piensan que el militar debió desobedecer las órdenes. A menudo quienes opinan así ignoran que se había establecido un perímetro de seguridad para el aterrizaje, que los manifestasen habían roto invadiendo la plataforma de aterrizaje ilegalmente bajo su responsabilidad para hacer una sentada en la pista, y que la nave de Tarkin no tenía una maniobra limpia para evitar el aterrizaje, pudiendo ponerse en riesgo a sí misma y a todo alrededor si colisionaba.
En secreto, ábandonando la legalidad, Organa, Mothma, y a veces Bel Iblis, empezaron a reunirse en la casa de Organa en Coruscant (La mansión Cantham) para planear la resistencia. La historia hablaría de estas reuniones como los encuentros de Cantham.
Ocultando su implicacion con la Rebelión, Organa se convirtió en uno de los más leales senadores imperiales, y se ganó el respeto de muchos con su subterfugio y sus mentiras.
Un momento histórico para la rebelión fue la creación del Tratado de Corellia en el 2 ABY. Firmado por Organa, Mothma, y Bel Iblis, el documento formalizó las relaciones entre la Resistencia Corelliana, Resistencia Alderaaniana y la Resistencia de Chandrila uniéndolas en una sola; La Alianza para restaurar la República. Garm Bel Iblis, senador de Corellia, aportaría la flota de la Alianza. Mon Mothma sus hombres y soldados. Bail Organa, pagaría el mantenimiento de la Alianza.
Mothma redactó la Declaración de Rebelión que directamente se dirigía al Emperador y sus políticas, y anunciaba la formación de la Alianza Rebelde, pasando a ser la principal proscrita de la galaxia. De hecho, uno de los hombres de Bail fue quien pudo avisarla para que apresurase su huida, tan solo dos minutos antes de que la OSI llegase hasta ella. Desde entonces Mothma se encuentra en paradero desconocido. Si hacemos caso a las noticias que circulan, el liderazgo central que ella trajó consigo unifica a los terroristas en un todo, y es su principal demagoga.
Organa se mantuvo como traidor encubierto en los engranajes del Senado Imperial hasta que fue disuelto. Murio apenas recibió la noticia de su disolución, en su hogar, sin saber que su hija Leia (en misión terrorista) había sido capturada y observaba desde el visor de la Estrella de la muerte la destrucción de su mundo junto a Tarkin y Vader, irónicamente.
Tarkin a quien acusaba de crear el incidente de Ghorman por no desobedecer sus órdenes, y Vader, el único Jedi que no se rebeló contra el gobierno legítimo cuando los Jedi intentaron su golpe de estado, con quienes ahora se sabe que Organa colaboró en la planificación del golpe, y a quienes intentó sin éxito dar asilo en los siguientes días con su Tantive IV, navio en el que ahora su hija, tambien terrorista, había sido capturada.
